То есть имеем итогом следущее:
1. Сноуден, будучи гражданским лицом имел электронный (а может и физический тоже) доступ высшего уровня к серверам с секретной информацией. ФСБ не одобряет того факта. Более того, местные безопасники понадеялись на встроенную защиту (скорее всего винды) при которой админ не может прочесть того, с чем работают сотрудники.
2. Сотрудники наверняка подписывали обязательства не светить свои пароли кому бы то ни было. Тем более даже в игровых МОРПГ пишут "Администраторы никогда не спросят у вас пароля к вашей учетке".